영화 군함도가 실제 탄광의 노동환경과 동떨어지게 각색을 했다며 하시마섬(군함도) 전 도민들로 부터 반박 성명이 나오는 등 한일 우호관계를 막으려는 일부 과격한 활동가나 운동가들이 양국이 적대하도록 선동하려는 의도가 있는 영화가 아니냐라는 비판이 일본에서 나오고 있다. 또한 군함도를 세계문화 유산으로 등제시키려는 일본 단체에서는 "날조로 인한 잘못된 역사 인식은 양국의 갈등의 골을 깊게 만들뿐이다."라며 강한 어조로 비판하고 있다.
영화 군함도는 강제 징용된 조선인들이 열악한 환경에서 노동을 강요당하는 지옥섬으로 군함도를 묘사하고 그것을 사실로 그리고 있는 것에 대해 일본은 완전히 잘못된 것이라 주장하고 있고 의도적으로 일본인을 악마로 만들려는 악의적인 영화이며 이것에 대해 일본 정부까지 한국정부에 대해 유감을 표명하고 있다.
일본이 이같은 주장을 하는 근거는 영화가 군함도에서 소년시절을 보낸 인물의 저서를 바탕으로 제작한 실화라고 말하고 있지만 도민 호적부에는 그같은 인물이 없다는 점을 들고 있다. 일부 재일 교포 지식인들 또한 완전한 거짓말이라며 비난의 목소리를 높이고 있는 모습이다.
일본의 산케이 신문은 2016년에 한국 한국에서 출판된 아이들을 위한 그림책인 '군함도-부끄러운 세계 문화 유산'에 대해서도 언급하며 영화와 더불어 그림책은 군함도의 세계 문화 유산 등재를 막기 위한 한국 정부와 국민의 노력의 일환이라고 보도를 하기도 했다. 또한 산케이 신문은 고향인 군함도의 모습이 국내외에서 왜곡되게 전해진것에 분노를 느끼고 있는 이전 도민들이 올바른 모습을 후세에 전하기 위해 '진실의 역사를 추구하는 하사마섬의 모임'을 결성했다고 보도했다.
이에 대해 조선일보는 우익 경향이 강한 산케이 신문이 영화와 그림책을 날조 취급했다고 반발하며 한국 국무 총리 직속 '일제 강점기 강제 징용 피해 조사및 강제 징용 피해자 지원 위원회'가 작성한 실태 조사 자료와 피해자들의 증언 기록을 증거로 제시했다.
또한 감독인 류승완도 "산케이 신문은 조선인 소년 굴착기 등은 없었다고 주장하지만 취재 결과 수많은 증언에서 사실임이 드러났다."고 반박하며 "세계 문화 유산으로 등록된 마당에 군함도의 역사를 세계인들이 알고 있어야 하지 않겠냐. 빛과 그림자를 모두 깨끗하게 밝혔을때 문화 유산으로 진정한 가치를 가지게 되는 것"이라고 말하기도 했다.
영화 개봉에 앞서 7월3일 부터 10일의 일주일 동안 'Island of Hell(지옥섬)'등의 문구와 함께 뉴욕타임 스퀘어 전광판에 올린 광부의 사진이 군함도와는 무관한 사진이며 일본인 광부 였음을 지적당했고 홍보측도 이에대해 인정하는 일이 있기도했다.
<당시에 거주했던 하시마섬의 도민과 그 자손들이 주장하는 영화의 거짓말>
1.영화는 경찰에 의해 조선인들이 심한 폭행을 당하는 것을 그리고 있지만 경찰은 2명정도 밖에 주재하고 있지 않았다.
2.조선인 노동자는 가족도 있었고, 그 자녀들은 일본인과 같은 학교에서 함께 공부했으며, 영화 처럼 노예 같이 일한것이 아니었다.
3.영화에서 조선인 노동자가 지하1,000미터의 갱도에서 강제 노동을 당한 것으로 되어있지만, 실제 갱도는 지하710미터 정도 였고, 송풍기가 구비되어 있었으며 물을 마시는 장소도 있었다. 따라서 갱도 안은 의외로 열을 내보내기 쉬워 적어도 뜨거운 환경아래서의 근무가 아니었다.
4.많은 조선인 노동자가 살해를 당하지 않았고, 미군에 의한 공습도 1945년 7월31일 단 1번뿐이 었으며 당시 발전소등의 시설이 공습 당했었다.